دو نوجوان، دختری جهش‌یافته را که حافظه‌اش را از دست داده، نزد خود می‌برند و از او مراقبت می‌کنند.

داستان فیلم درباره یک خلبان موفق ارتش است که به عملیات نظامی اوکیناوا می پیوندد. 3 ماه بعد، یک پهباد بدون سرنشین به وزارت دفاع توکیو حمله میکند. اکنون "تومومی ماسائوکا" از بخش امنیتی به پایگاه نظامی سوگو اعزام میشه که حقیقت پشت این پرونده را فاش کند و ....

داستان این فیلم مربوط به گروهی است که ماموریت حفاظت از یک تمدن قدیمی را به عهده گرفته است. تمدنی که به خاطر پیشرفت های بررسی نشده ، نابود گردید. از نظر آنان ، بازگشت به علمی که در تاریکی قرار گرفته ، باعث ایجاد تاریکی می گردد. به دنبال این هشدار ، سازمانی به نام " آرگام " تشکیل گردید تا از فناوری و آثار به جامانده از این تمدن پیشرفته محافظت کند. ماموران ویژه ای که در این سازمان خدمت می کنند ؛ با نام " اسپیرگان " شناخته میگردند.